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Exocortex Bootstrap — Réinstallation complète sur nouvelle machine | GiGaRuN

Guide complet pour réinstaller l

EXOCORTEX V3 — MAI 2026

Exocortex Bootstrap

Réinstallez votre copilote IA complet — skills, agents pentest, hooks, mémoire — sur n'importe quelle nouvelle machine en une seule commande.

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1. Contexte et objectif

Problème : l’Exocortex repose sur des fichiers locaux dispersés entre ~/.claude/ et ~/Exocortex/. Changer de machine ou reinstaller Windows signifiait tout reconfigurer à la main : skills, agents, hooks, mémoire. Aucun script, aucune procédure documentée, tout en mémoire.

Ce guide documente :

Pourquoi on a versé les skills dans le repo Exocortex (avant, ils étaient hors versioning)
Comment le script setup.sh automatise le bootstrap sur une nouvelle machine
Quels composants sont automatisés, lesquels restent manuels, et pourquoi
Les avantages et les limites de cette approche

Résultat : sur une nouvelle machine Windows, l’Exocortex complet (16 skills métier, 31 agents pentest, hooks, settings) est opérationnel après un git clone et un bash setup.sh. Durée réelle : 10 minutes prérequis inclus.

2. Anatomie de l’Exocortex

L’Exocortex est composé de quatre couches distinctes, installées à des emplacements différents sur la machine :

🧠

Contexte métier

Qui vous êtes, vos projets, vos contraintes, vos objectifs. Lu à chaque session par l’IA via contexte.md.

~/Exocortex/

🛠

Skills métier (protocoles)

Les comportements spécialisés de l’Exocortex : audit, commercial, DSI/RSSI, compta, devops, handoff, etc. 16 skills au total.

~/.claude/skills/

🤖

Agents pentest

31 sous-agents Claude Code spécialisés : recon, web, Active Directory, cloud, mobile, forensics, reverse engineering, reporting.

~/.claude/agents/

📚

Mémoire persistante

Ce que le copilote a appris au fil des sessions : feedbacks, préférences, références techniques, état des projets.

~/.claude/projects/.../memory/

📋

Persona et règles (CLAUDE.md)

Le fichier lu en priorité par Claude Code. Définit le rôle de copilote, les règles de comportement, la langue, l’optimisation des tokens.

~/CLAUDE.md

🔧

Hooks et settings

Les automatismes : protection contre les suppressions critiques, rappel handoff en fin de session, analyse de session, modèle par défaut (Sonnet).

~/.claude/hooks/ & settings.json

3. Ce qui a été fait et pourquoi

3.1 Versioning des skills dans le repo Exocortex

Avant cette mise à jour, les 16 skills Gigarun n’étaient présents que dans ~/.claude/skills/ sur la machine principale. Ils n’étaient pas dans le repo Git de l’Exocortex.

Conséquence : cloner le repo sur une autre machine ne suffisait pas. Les skills (audit, commercial, DSI, compta, devops, handoff, lab-test, etc.) étaient absents.

Décision : copier ~/.claude/skills/ dans Exocortex/skills/ et les versionner. Tous les fichiers skills ont été vérifiés pour l’absence de données sensibles (clés API, mots de passe) avant commit. Un seul faux positif détecté : un placeholder sk-... dans la doc n8n, sans valeur réelle.

3.2 Installation des agents pentest (pentest-ai-agents)

Le repo 0xSteph/pentest-ai-agents fournit 31 sous-agents Claude Code spécialisés en sécurité offensive. Ils sont installés dans ~/.claude/agents/ via un script.

Pourquoi ce repo plutôt que d’autres :

Zéro dépendance externe : juste des fichiers .md avec frontmatter YAML
Compatible Ollama via conversion OpenCode (./opencode-setup.sh --full)
MIT, actif depuis mars 2026, déjà en v3.1.0
Complémentaire à Strix (pentest applicatif autonome) — les deux ne se recoupent pas
Script install.sh audité : ne fait que copier des fichiers, aucune exécution réseau, idempotent

Les agents sont clonables depuis GitHub et ne sont pas versionnés dans l’Exocortex lui-même — le script setup.sh les télécharge automatiquement.

3.3 Création du script setup.sh

Le script Exocortex/setup.sh automatise l’intégralité du bootstrap en 6 étapes :

Vérification des prérequis : git, Claude Code CLI
Installation des skills depuis Exocortex/skills/ vers ~/.claude/skills/ (diff par répertoire, mise à jour uniquement si modifié)
Installation des agents pentest : clone du repo pentest-ai-agents + install.sh --global
Installation du hook auto-debug-log.py vers ~/.claude/hooks/
Vérification du settings.json (création minimale si absent)
Vérification de CLAUDE.md et de la mémoire persistante, avec avertissements ciblés si manquants

Mode dry-run : le script accepte --dry-run pour simuler toutes les opérations sans rien modifier. Utile pour vérifier l’état d’une machine avant d’agir.

4. Structure du repo Exocortex après mise à jour

Exocortex/ ← repo Git principal

setup.sh ← <NOUVEAU> script de bootstrap nouvelle machine

CLAUDE.md ← persona et règles du copilote (à la racine ~/ sur la machine)

contexte.md ← profil, projets, contraintes

skills/ ← <NOUVEAU> 16 skills métier versionnés

audit/ ← audit mobile/forensique

commercial/ ← chiffrage, propositions commerciales

dsi/ ← DSI/RSSI externalisé

devops/ ← déploiement, infrastructure

handoff/ ← continuité entre sessions

lab-test/ ← évaluation de repos GitHub

... ← + 10 autres skills

scripts/

auto-debug-log.py ← <NOUVEAU> hook Stop versionné

knowledge/ ← base de connaissances métier

projets.md

handoff-journal.md

Ce qui n’est pas dans le repo (et pourquoi)

Composant	Emplacement réel	Raison d’exclusion
`settings.local.json`	`~/.claude/settings.local.json`	Contient des clés API (Mailjet, Brevo) — ne jamais versionner
Agents pentest	`~/.claude/agents/`	Téléchargés depuis GitHub par `setup.sh` — maintenus séparément
Mémoire persistante	`~/.claude/projects/.../memory/`	Spécifique à chaque machine, synchronisée via git Exocortex séparément
Historique de sessions	`~/.claude/projects/`	Trop volumineux, local par définition
Cache, backups, sessions	`~/.claude/cache/` etc.	Données temporaires machines-spécifiques

5. Procédure de réinstallation complète

Suivez ces étapes dans l’ordre sur la nouvelle machine Windows.

Étape 1 — Prérequis

POWERSHELL / CMD — WINDOWS

# Git pour Windows (git-scm.com) + Node.js (nodejs.org) doivent être installés

git --version # doit afficher git version 2.x

node --version # doit afficher v20.x ou supérieur

# Installer Claude Code CLI

npm install -g @anthropic-ai/claude-code

claude --version # vérification

Étape 2 — Cloner l’Exocortex

BASH (Git Bash) — WINDOWS

git clone [URL-de-votre-repo-prive-Exocortex] ~/Exocortex

# Vérifier que les skills sont présents

ls ~/Exocortex/skills/

# doit lister : audit commercial compta devops dsi handoff lab-test ...

Étape 3 — Copier CLAUDE.md à la racine de votre profil

BASH (Git Bash) — WINDOWS

cp ~/Exocortex/CLAUDE.md ~/CLAUDE.md

# CLAUDE.md doit être dans ~ (C:\Users\vous\) pour que Claude Code le lise automatiquement

Important : CLAUDE.md doit se trouver dans C:\Users\[votre-nom]\ (racine du profil utilisateur), pas dans un sous-dossier. Claude Code le cherche dans le dossier courant et ses parents jusqu’à la racine.

Étape 4 — Lancer le bootstrap

BASH (Git Bash) — WINDOWS

# Test d’abord en dry-run pour voir ce qui sera fait

bash ~/Exocortex/setup.sh --dry-run

# Si tout est correct, lancer réellement

bash ~/Exocortex/setup.sh

Sortie attendue :

✓ git OK

✓ Claude Code CLI OK

✓ 16 skills — 16 installés, 0 mis à jour

✓ 31 agents pentest installés dans ~/.claude/agents/

✓ auto-debug-log.py installé

✓ settings.json créé (model: sonnet)

✓ CLAUDE.md présent dans ~/

! Mémoire absente — à copier manuellement

Étape 5 — Restaurer les éléments non automatisés

Depuis l’ancienne machine (ou OneDrive si synchronisé) :

settings.local.json — copier dans ~/.claude/settings.local.json. Contient les hooks PreToolUse (protection dossiers critiques), le hook Stop (rappel handoff), les permissions avancées et les clés API nécessaires.
Mémoire — copier ~/.claude/projects/C--Users-[nom]/memory/ depuis l’ancienne machine. Contient les 30+ fichiers de mémoire accumulés (feedbacks, références, projets).
ANTHROPIC_API_KEY — configurer la variable d’environnement dans le système Windows.

Étape 6 — Lancer Claude Code et vérifier

TERMINAL — WINDOWS

claude

# Une fois dans Claude Code :

/skills # doit lister les 16 skills Gigarun

/agents # doit lister les 31 agents pentest

6. Le script setup.sh en détail

Le script est versionné dans Exocortex/setup.sh. Il est idempotent : on peut le relancer autant de fois qu’on veut sans risque. Il ne modifie que ce qui est absent ou obsolète.

Logique de mise à jour des skills

Pour chaque skill du repo, le script compare le répertoire source avec la destination via diff -rq. Il écrase uniquement si une différence existe. Cela permet de pousser une mise à jour d’un skill sur toutes les machines via un simple git pull + bash setup.sh.

Logique d’installation des agents pentest

Le script vérifie si ~/.claude/agents/ contient déjà des fichiers .md. Si oui, il considère les agents comme installés et saute cette étape. Si non, il clone pentest-ai-agents dans C:/tools/pentest-ai-agents et lance install.sh --global.

Pour mettre à jour les agents pentest indépendamment du bootstrap :
cd C:/tools/pentest-ai-agents && git pull && bash install.sh --global

Composants installés par le script

Composant	Source	Destination	Comportement
16 skills métier	`Exocortex/skills/`	`~/.claude/skills/`	Install ou mise à jour si diff
31 agents pentest	GitHub pentest-ai-agents	`~/.claude/agents/`	Clone + install si dossier vide
Hook auto-debug-log.py	`Exocortex/scripts/`	`~/.claude/hooks/`	Copie si absent
settings.json	Généré à la volée	`~/.claude/settings.json`	Création minimale si absent
CLAUDE.md	`Exocortex/CLAUDE.md`	`~/CLAUDE.md`	Copie si absent

7. Avantages et inconvénients de ce paramétrage

✅ Avantages

Une seule commande pour réinstaller l’essentiel de l’Exocortex sur une nouvelle machine
Skills versionnés dans Git : un git pull + setup.sh propage les mises à jour sur toutes les machines
Idempotent : on peut relancer setup.sh sans risque de casser quoi que ce soit
Dry-run : auditer ce qui sera fait avant d’agir
Agents pentest séparés : maintenus indépendamment via leur propre repo, mise à jour en autonomie
Aucun secret dans le repo : settings.local.json est exclu, les clés API ne peuvent pas fuiter
Pas de dépendance cloud : tout est local après le clone initial

⚠ Inconvénients

Mémoire non automatisée : les 30+ fichiers de mémoire restent à copier manuellement depuis l’ancienne machine
settings.local.json non automatisé : les hooks avancés et permissions spécifiques doivent être recopiés manuellement (contient des clés API)
~~Skills dupliqués~~ ✅ Résolu par junction Windows : ~/.claude/skills/ est une junction qui pointe vers Exocortex/skills/. Un seul emplacement physique, zéro duplication — voir ci-dessous.
Agents pentest nécessitent Git : si la machine n’a pas accès à GitHub, l’étape 3 échoue
Script Bash uniquement : ne fonctionne pas nativement dans PowerShell pur (nécessite Git Bash ou WSL)

Source unique pour les skills : la junction Windows

Problème résolu. ~/.claude/skills/ est une junction Windows (l’équivalent d’un lien symbolique de dossier) qui pointe directement vers Exocortex/skills/. Il n’existe qu’une seule copie physique des skills, dans le repo. Claude Code lit le lien de façon transparente.

Conséquence pratique : quand Claude Code crée ou modifie un skill, il écrit directement dans Exocortex/skills/. Il suffit ensuite de committer dans le repo pour propager la mise à jour sur toutes les machines.

BASH — WORKFLOW MISE À JOUR SKILL

# Créer ou modifier un skill via Claude Code (il écrit dans Exocortex/skills/ directement)

# Puis committer :

cd ~/Exocortex

git add skills/

git commit -m "update skill [nom]"

git push

# Sur les autres machines : git pull suffit — la junction lit déjà le bon dossier

La junction est créée automatiquement par setup.sh sur chaque nouvelle machine. Sur Linux/Mac (lors d’une utilisation éventuelle), le script crée un symlink classique via ln -s à la place.

8. Après le bootstrap : ce qu’il reste à faire

Le setup.sh installe le “squelette fonctionnel”. Pour avoir l’Exocortex à l’identique de la machine source, il reste trois opérations manuelles :

1. Restaurer settings.local.json

Ce fichier contient :

Les hooks PreToolUse : protection contre les suppressions dans les dossiers critiques (Exocortex, Clients, OneDrive)
Le hook Stop : rappel handoff en fin de session + analyse automatique de la session
Les permissions avancées (allow) pour les commandes courantes (SSH, ADB, PowerShell, etc.)
Des références à des clés API (Mailjet, Brevo) utilisées dans les checks de connectivité

Copier depuis l’ancienne machine vers ~/.claude/settings.local.json.

2. Restaurer la mémoire persistante

La mémoire se trouve dans ~/.claude/projects/C--Users-[nom]/memory/. Elle contient une quarantaine de fichiers .md structurés en quatre types :

feedback_*.md : corrections apprises, comportements à éviter ou à conserver
project_*.md : état des projets en cours (Vetilog, Intense Piscine, etc.)
reference_*.md : références techniques (serveurs, accès, SMTP, etc.)
user_*.md : profil de l’utilisateur appris par le copilote

Sans cette mémoire, le copilote repart de zéro et ne connaît plus les préférences, les projets en cours ni les références techniques accumulées.

3. Configurer ANTHROPIC_API_KEY

Claude Code a besoin de la clé API Anthropic pour fonctionner. La configurer dans les variables d’environnement système Windows (Système → Paramètres avancés → Variables d’environnement) ou dans le profil Git Bash.

Vérification finale : lancer claude, taper “Qui suis-je ?”. Si le copilote répond avec votre contexte (Thomas, Gigarun, La Réunion…), la mémoire est bien chargée. Si il répond de façon générique, la mémoire n’est pas restaurée.

9. Maintenir l’Exocortex à jour

Mettre à jour les skills sur toutes les machines

Grâce à la junction, ~/.claude/skills/ et Exocortex/skills/ sont le même dossier physique. Modifier un skill via Claude Code écrit directement dans le repo — pas de copie manuelle nécessaire.

Modifier ou créer le skill via Claude Code (il écrit dans Exocortex/skills/ via la junction)
Committer et pusher : cd ~/Exocortex && git add skills/ && git commit -m "update skill [nom]" && git push
Sur les autres machines : git pull — la junction lit déjà le bon dossier, aucun setup.sh requis

Mettre à jour les agents pentest

BASH — WINDOWS

cd C:/tools/pentest-ai-agents

git pull

bash install.sh --global

# Le script est idempotent : il met à jour uniquement les agents modifiés

Ajouter un nouveau skill au repo

Créer le skill via /skill-creator dans Claude Code (il écrit dans ~/.claude/skills/)
cp -r ~/.claude/skills/[nouveau-skill] ~/Exocortex/skills/
Committer dans le repo Exocortex
Le skill sera déployé sur les autres machines au prochain git pull + setup.sh

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